Perbedaan antara seluruh sekuensing genom dan sekuensing senapan

Apa sekuensing seluruh genom dan sekuensing senapan?

Ini adalah metode yang digunakan untuk menilai dan urutan DNA dari genom organisme sekaligus.

Kesamaan

Kesamaan antara seluruh sekuensing genom dan sekuensing senapan termasuk;

• Keduanya terlibat dalam pengurutan fragmen asam deoksiribonukleat
• Kedua teknik melibatkan fragmentasi genomik
• Kedua teknik menggunakan digitalisasi dan berbasis komputer
• Kedua teknik memainkan peran penting dalam studi penelitian dan dalam diagnostik molekuler

Sequencing seluruh genom

Sequencing Genome Seluruh alias (WGS) adalah teknik terperinci untuk menyelidiki seluruh urutan asam deoksiribonukleat genomik dari sel sekaligus.

Sequencing seluruh genom tersedia setelah menerbitkan Proyek Genom Manusia, yang memberikan referensi untuk urutan genom manusia.

Sequencing Shotgun

Sequencing senapan melibatkan pemisahan asam deoksiribonukleat yang tidak direncanakan memecah sekuens asam deoksiribonukleat menjadi banyak fragmen kecil dan kemudian merakitnya lagi (urutan) dengan mencari tahu daerah tumpang tindih yang tumpang tindih.

Perbedaan antara seluruh sekuensing genom dan senapan

Keterangan

Sequencing seluruh genom

Seluruh Genome Sequencing (WGS) adalah proses pengaturan satu langkah. Dalam teknik ini, seluruh genom (haploid set kromosom dalam mikroorganisme) geser terjadi terlebih dahulu. Setelah ini, masing -masing pecahan rapuh kecil ini mengalami proses pengaturan secara acak. Setelah pengaturan atau pengurutan ini selesai, analisis berlangsung. Ada penghapusan proses pengurutan yang tumpang tindih pada saat penilaian pengaturan/urutan, dan penilaian bukanlah teknik yang dipesan. Oleh karena itu, perakitan urutan adalah proses yang kurang berhasil dan manjur. Namun, proses seluruh sekuensing genom adalah lebih cepat, dan penilaian seluruh genom (haploid set kromosom dalam mikroorganisme) dapat terjadi pada satu contoh tunggal.

Sequencing Shotgun

Sequencing Shotgun adalah metode laboratorium untuk menilai urutan asam deoksiribonukleat dari bahan genetik organisme (genom). Teknik ini termasuk memecahkan bahan genetik organisme menjadi fragmen asam deoksiribonukleat kecil yang mewakili sekuensing individu.

Penggunaan

Sequencing seluruh genom

• Penyakit yang baru lahir dan pediatrik - Mengurangi varian struktural dan pemindaian area eksonik yang tidak ditangkap secara tepat.
• Uji Coba Obat dan Farmakogenomik - WGS menawarkan mekanisme front -end yang menguntungkan untuk uji klinis, yang membantu dalam mengklasifikasikan individu (pasien) berdasarkan respons mereka terhadap obat atau obat yang sedang diteliti.
• Variasi Pengaturan dan EQTLS
• Jenis Rumor Langka - WGS adalah metode yang benar untuk menyelidiki tumor langka. Teknik ini membantu dalam mempelajari dan menangkap rentang mutasi lengkap, dari perubahan basa tunggal (basa tunggal dalam asam deoksiribonukleat berbeda dari basa biasa pada posisi itu) ke penataan ulang kromosom yang lebih besar, dalam percobaan satu kali.
• Genomik klan - Silsilah Penyakit Keluarga - Mengetuk Silsilah Multiplex dari Keluarga yang Dipengaruhi oleh Masalah Genetik.
• Kohort besar dengan fenotip yang luas

Sequencing Shotgun

• Menyelidiki urutan asam deoksiribonukleat dari genom organisme.
• Metode yang efisien untuk secara tidak langsung mengurutkan asam ribonukleat atau protein (melalui bingkai pembacaan terbuka)
• Metode yang paling disukai untuk semua jenis set kromosom haploid lainnya dalam sekuensing mikroorganisme juga. Total haploid haploid kromosom dari banyak organisme, - sapi, ayam, tikus, tanaman Arabidopsis thaliana, pufferfish, dan banyak organisme mikroskopis telah diurutkan mengikuti teknik ini.
• Rakitan de novo yang hampir jadi dan hampir final dari genom mikroba dalam beberapa hari
• Kekuatan untuk mengurutkan genom besar dan kompleks
• GS FLX+ Sistem Baca panjang hingga 1 kb
• Lakukan rakitan hibrida

Langkah

Sequencing seluruh genom

• Menghasilkan Sequencing Dibaca Langsung Dari Repositori Kromosom Haploid -Genome (haploid dalam mikroorganisme)
• Penerapan metode komputasi untuk dipasang kembali dalam satu langkah
• Digunakan untuk lalat buah (Drosophila melanogaster) dan oleh Celera Genomics (dikembangkan 1998) untuk genom manusia (haploid set kromosom dalam mikroorganisme)

Sequencing Shotgun

• Langkah -langkah dalam sekuensing senapan termasuk;
• Persiapan Perpustakaan
• Sekuensing fragmen cfDNA
• Penghitungan fragmen
• Penyelarasan Urutan
• Analisis statistik, dan pelaporan.

Ringkasan

Titik perbedaan antara sekuensing seluruh genom dan sekuensing senapan telah diringkas seperti di bawah ini:

Sequencing Genome Seluruh Sequencing Shotgun